Công giáo đã bắt đầu có mặt tại Albania vào giữa thế kỷ I CN khi đó còn thuộc Đế quốc La Mã. Ban đầu, tôn giáo mới này phải cạnh tranh với các tín ngưỡng phương Đông như sự thờ cúng Mithra, vị thần ánh sáng của Ba Tư, đã du nhập vào vùng đất này từ khi Albania có những sự trao đổi với các vùng phía đông Đế quốc La Mã. Trong một thời gian dài, Công giáo cũng phải cạnh tranh với sự thờ cúng các vị thần của người Illyria. Sự tăng trưởng vững chắc của cộng đồng Công giáo tại Dyrrhachium (tên của Epidamnus thời La Mã) đã dẫn tới sự thành lập một giáo phận năm 58 Công Nguyên. Sau này, các tòa giám mục đã được thành lập tại Apollonia, Buthrotum (Butrint ngày nay), và Scodra (Shkodra ngày nay).

Sau sự phân chia của Đế chế La Mã năm 395, Albania về chính trị đã trở thành một phần của Đế chế Đông La Mã, nhưng về tôn giáo vẫn phụ thuộc vào Roma. Khi cuộc ly giáo cuối cùng đã xảy ra vào năm 1054 giữa các giáo hội Đông phương và Tây phương thì những tín hữu phía nam Albania thuộc quyền Thượng phụ Constantinopolis, và những tín hữu ở phía bắc nằm dưới sự quản lý của Giáo hoàng tại Roma. Thoả thuận này được thực thi cho tới khi những cuộc xâm lược của Ottoman xảy ra ở thế kỷ XIV, khi đức tin Hồi giáo bắt đầu xuất hiện.

Một trong những di sản chính của năm thế kỷ cai trị của Ottoman là sự cải đạo của 60% dân số Albania sang Hồi giáo. Vì thế, nước này đã trở thành quốc gia đa số Hồi giáo sau khi giành lại độc lập từ Ottoman. Ở vùng núi phía bắc, việc truyền bá Đạo Hồi bị các tín đồ Công giáo phản đối mạnh mẽ. Albania từng là nước có số tín đồ Công giáo ưu thế, với mười tám tòa giám mục, một số chúng có lịch sử liên tục từ khi bắt đầu có Cơ Đốc giáo cho tới ngày nay. Albania là điểm chốt cuối cùng của Công giáo tại Balkan và các Giáo hoàng đã làm tất cả những điều có thể trong phạm vi quyền lực của mình để mở rộng lãnh địa. Tuy nhiên, dần dần tình trạng lạc hậu, sự mù chữ và sự vắng mặt của những tăng lữ làm trách nhiệm giáo dục đã khiến tôn giáo này mất dần ưu thế.

Dưới chế độ Cộng sản, trong 45 năm nắm quyền tuyệt đối, tôn giáo bị chính thức ngăn cấm, và Albania được tuyên bố là nhà nước vô thần đầu tiên và duy nhất trên thế giới. Ngày nay, với quyền tự do tôn giáo và thờ cúng, Albania có nhiều tôn giáo và giáo phái.[29]Sự cuồng tín tôn giáo chưa từng xảy ra,[30][31] và mọi người thuộc các nhóm tôn giáo khác nhau chung sống trong hoà bình.[28] Hôn nhân khác tôn giáo là điều thường thấy, và tại Albania không hề có sự ngăn cản nào với việc các tín đồ thuộc các tôn giáo khác nhau cùng hoạt động tôn giáo của mình.[32] Giáo hội Công giáo Rôma chủ yếu có mặt ở vùng phía bắc đất nước,[33] đặc biệt tại các thành phố Shkodër và Kruja, trong khi Chính Thống giáo xuất hiện ở các quận phía nam Gjirokastër, Korçë, Berat, và Vlorë. Các tín đồ Hồi giáo có mặt trên khắp đất nước, dù họ tập trung chủ yếu ở vùng trung tâm. Đa số họ là tín đồ Sunni truyền thống, nhưng khoảng một phần tư là tín đồ của giáo phái Bektashi, từng một thời có trụ sở tại Tirana.

Trong nhiều thế hệ, sự thực dụng tôn giáo từng là một nét riêng biệt của người dân Albania. Thập chí sau khi đã chấp nhận đạo Hồi, nhiều người vẫn tuân theo các hoạt động tôn giáo của Kitô giáo (Công giáo lẫn Chính Thống giáo). Tới tận năm 1912, ở một số lớn các làng tại vùng Elbasan, đa số đàn ông có hai tên, một tên Hồi giáo để sử dụng công khai và một tên Kitô giáo để sử dụng riêng. Việc tuân theo các đức tin truyền thống vẫn tiếp diễn tới tận thế kỷ XX, đặc biệt tại các làng ở vùng núi phía bắc, nhiều nơi không hề có nhà thờ cũng như thánh đường hồi giáo. Một nhà thơ tên là Pashko Vasa (1825-1892), được biết đến với tên hiệu Vaso Pasha, đã có một bình luận sắc sảo, sau này được Enver Hoxha nhắc lại, rằng "tôn giáo của người dân Albania chính là Chủ nghĩa Albania." Ước tính chỉ 30-40% người dân Albanians có hoạt động tôn giáo thực sự.[34] Dù có quá khứ tôn giáo khác biệt như vậy, tại Albania không hề có xung đột tôn giáo, chủ yếu bởi người dân Albania có truyền thống khoan dung tôn giáo rất lớn.